Además de la Colección Luis Muñoz Marín, la Fundación enriquece sus acervos con fondos o colecciones relacionadas a la historia, cultura y flora de Puerto Rico. Estos materiales históricos son excelentes herramientas de investigación para conocer la sociedad puertorriqueña. Documentos, materiales audiovisuales, imágenes en varios formatos, objetos tridimensionales de todo tipo y plantas nativas y endémicas constituyen nuestra colección, única en Puerto Rico y el Caribe.       

A través de los años la Fundación ha recibido valiosas donaciones que ya forman parte de un importante acervo sobre la historia, cultura y flora puertorriqueña. Cabe señalar que aunque nuestra institución se centra en materiales relacionados al XX, la Colección Teodoro Vidal conserva materiales y objetos sobre Puerto Rico desde los siglos XVII al XX que se encuentra en un depósito especial en la Fundación. Entre las colecciones que alberga la Fundación se encuentran: